Bienvenido.
No puedo contestarte a lo que preguntas sobre el cambio automático (entiendo que podrá usarse como prefieras y que podrás decidir cómo usarlo en cualquier momento... pero vamos, que seguro que lo pone en el manual... y si no, seguro que alguien te lo explica.)
Respecto al i-stop y el auto hold, aunque no tenga lo segundo en mi CX5, y el primero lo desactive nada más ponerlo en marcha, sí los usé combinados hace unas semanas en un Golf de alquiler... de hecho creo que es la forma de uso para la que están pensados (paradas continuas en ciudad, atascos, etc. en las que, por un lado se detiene el motor para "ahorrar", y por otro puedes "despreocuparte" de mantener el pedal de freno pisado).
El i-stop (o los sistemas similares de otras marcas) nunca me han gustado (por lo menos en Mazda puedes desconectarlo). Por un lado el hecho de parar el motor "de golpe" por el mero hecho de detenerte es totalmente contrario a algunas de las recomendaciones tradicionales, sobre todo en motores turbo (por ejemplo, tras un uso continuado/intenso siempre se ha recomendado dejar el motor a ralenti unos minutos antes de pararlo para favorecer la refrigeración del eje del turbo mediante la circulación de aceite... no hacerlo puede acarrear roturas de turbo e incluso del motor si se inicia la autocombustión del propio aceite), y por otro, está claro que el momento del arranque (además del esfuerzo que supone para baterías, motor de arranque, etc. por mucho que están preparados para ello) es el que más "desgaste" causa en el propio motor (que debe mover piezas que sólo cuentan con la película de lubricante que ha quedado en ellas tras perder la presión del circuito de lubricación).
Evidentemente las marcas tienen estudiada la vida útil de estos sistemas y no deberían ser un problema a corto plazo, pero no tengo tan claro que pasará dentro de X años más (¿alguien duda que el i-stop tenga predefinidos X arranques antes de dar un fallo o dejar de funcionar?).
Salvo un uso intensivo en ciudad, dudo mucho que el ahorro de combustible compense la "reparación" posterior (sinceramente, simplemente los veo como una forma "fácil" de cumplir las distintas normas anticontaminación con el único objetivo de cumplir la homologación de turno).
De hecho solicité que me lo desactivaran en el concesionario y, aunque extraoficialmente me comentaron que entendían mis motivos, me dijeron que no podían hacerlo ya que forma parte de los mecanismos que tiene el coche para cumplirlas y que como concesionario no podían modificarlo.
Un saludo.