Hola, espero que se hallan decidido los del Taller y te cambien el módulo. Mientras esperas, yo trataría para ir descartando cosas (a lo mejor ya la has hecho): hacer una copia en otra SD del backup que tengas guardado en el programa Mazda Toolbox al hacer la actualización; eso descartaría que la SD original estuviera dañada. Si cambiando el módulo persiste la avería, que consideren por si el lector de la SD este dañado o sucio, por ejemplo.
Como yo he tenido también un episodio de parpadeo y pasado un poco lo tórrido de este verano, descarto casi al 95% que sea un problema del calor del salpicadero pues no me ha vuelto a pasar. Si mal no recuerdo el módulo del GPS está a la izquierda del volante y a la altura del lector de tarjetas. Me inclino, como ya varios han apuntado, a que el programa no "corra con fluidez" por alguna causa. ¿Te sigue sucediendo después de hacer un reset?.
Saludos.